Nguyên nhân gây bệnh viêm khớp tự phát thiếu niên chưa được rõ ràng, tuy nhiên người ta cho rằng bệnh có tính chất tự miễn với tình trạng nhiễm khuẩn làm khởi động một loạt các quá trình trong hệ thống miễn dịch. Bệnh thường khởi phát sau nhiễm virut, Chlamydia mycoplasma, Streptococus, Salmonella, Shigella… Các thể viêm khớp tự phát thiếu niên Các thể bệnh của viêm khớp tự phát sẽ xuất hiện theo từng lứa tuổi với các biểu hiện ở khớp thường xuất hiện khi có các tổn thương ở da. Thể hệ thống hay còn gọi là thể Still ở trẻ em: các triệu chứng là sốt cao, nổi ban màu hồng ở da và viêm khớp. Tổn thương khớp theo từng đợt, ít nhất tồn tại trong 2 tuần, sau đó thường biến mất. Trẻ thường sốt cao (39-40 độ C), sau đó tự hạ nhiệt về bình thường. Tổn thương ở khớp thường gặp ở khớp vừa và khớp lớn, nhất là khớp gối, sau đó đến khớp cổ tay, khớp bàn ngón tay, khớp cổ chân,… Các tổn thương khác như tổn thương nội tạng (gan lách hạc to, viêm màng ngoài tim hoặc viêm các thanh mạc khác),...